Mục tiêu sứ mệnh của AJA là hoạch định các chính sách khác nhau liên quan đến công nghiệp anime Nhật Bản, mà hầu hết các hội viên đều là một phần trong đó.

Phần lớn hội viên của AJA là các doanh nghiệp nhỏ và vừa, do đó mục tiêu của AJA hướng đến là liên hiệp cùng nhau khắc phục một số những vấn đề phức tạp hơn như: vi phạm về quyền sở hữu trí tuệ, các hiện tượng xâm phạm quyền tác giả tràn lan và việc chia sẻ tập tin bất hợp pháp gia tăng từ các phần mềm mạng ngang hàng.

Bên cạnh đó, AJA cũng hỗ trợ giải quyết các khó khăn, cung cấp những cải thiện về môi trường làm việc chung, các cá nhân tài năng cùng nhiều hoạt động bên ngoài Nhật Bản.

AJA đang phấn đầu hàng ngày nhằm giải quyết các vấn đề này, ngay cả khi đó là một nhiệm vụ khó khăn.